Galaksi biyoinformatik platformu ile gerçekleştirilen COVID-19 analizi
Bilim insanları, COVID-19’a neden olan SARS-CoV-2 virüsünün nasıl gelişeceğini bilmiyor.
Başta akademik laboratuvarlar ve genom dizileme tesisleri olmak üzere dünya çapında yaklaşık 100 kuruluş, şimdiden pandemi araştırmalarına genomik verilerle katkıda bulundu. Genomik veriler kritiktir çünkü virüsün nasıl geliştiğini ve dolayısıyla nasıl durdurulabileceğini belirlemeye yardımcı olur.
Philadelphia’daki Temple Üniversitesi’nden biyolog Sergei Pond, “Topluluk bu kadar hızlı veri beklemiyordu” dedi.
Penn State’den Pond ve Anton Nekrutenko, Gökada projesi, dünyanın en büyük, en başarılı, web tabanlı biyoinformatik platformlarından biridir.
“Oldukça geniş bir kullanıcı tabanımız var ve dünya çapında çok sayıda örneğimiz var – ABD’deki en büyük örneğin, Teksas Gelişmiş Bilgi İşlem Merkezi,” dedi bir biyokimyacı ve moleküler biyolog olan Nekrutenko.
TACC, 2013’ten bu yana Galaxy kullanıcılarının büyük bir yüzdesi için veri analizlerini destekleyerek, araştırmacıların bilgisayarlarının veya kampüs kümelerinin yeterli olmadığı durumlarda zor sorunları hızlı ve sorunsuz bir şekilde çözmelerine olanak tanıyor.
Nekrutenko, “Galaxy, viral veri kümelerinin şeffaf, yeniden üretilebilir analizleri için açık kaynak araçları ve halka açık siber altyapı kullanıyor – ücretsiz ve iyi uygulamaları teşvik ediyor” dedi. “Ayda yüzbinlerce analiz yapıyoruz ve kullanım ve viral analizler açısından artık hızla ilerliyoruz.”
Araştırmacılar, analizlerinin çoğunu TACC’lerde paralel işleme ve büyük veri analitiği kullanarak gerçekleştiriyor. izdiham 2 süper bilgisayar ve Jet rüzgârı Indiana tarafından yönetilen ve TACC’nin ortak olduğu süper bilgisayar.
NSF’nin Gelişmiş Siber Altyapı Ofisi Direktörü Manish Parashar, “Bu önemli bilimsel bulgular, NSF’nin kritik sorunları ele alan ulusal ve uluslararası araştırma işbirliklerini mümkün kılmak için gelişmiş siber altyapı kaynaklarına ve hizmetlerine yaptığı yaklaşık 40 yıllık yatırımın değerinin altını çiziyor” dedi.
Galaxy, büyük miktarda paylaşılan bellek gerektiren genom birleştirme işleri için Pittsburgh Süper Bilgi İşlem Merkezi’ndeki Bridges platformunu kullanıyor. Bu sistemler, Olağanüstü Bilim ve Mühendislik Keşif Ortamıaraştırmacılara süper bilgisayar kaynaklarını ve uzmanlığını ödüllendiren ve tarafından finanse edilen Ulusal Bilim Vakfı.