Biyologlar koronavirüsü analiz etmek için süper bilgisayar simülasyonları kullanıyor
2 Delaware Üniversitesi araştırmacılar ödüllendirildi Ulusal Bilim Vakfı COVID-19’a neden olan yeni koronavirüsü incelemek için hibe. Daha önce onları AIDS ve Hepatit B’ye neden olanlar gibi diğer virüsler hakkında yeni içgörülere götüren yüksek teknoloji ürünü süper bilgi işlem araçlarını kullanıyorlar.
Juan Perilla ve Jodi Hadden-Perilla, NSF’nin Hızlı Müdahale Araştırması (RAPID) programı aracılığıyla finanse edildi.
Araştırmacılar, mevcut pandemiye yol açan virüsün moleküler yapısını analiz etmek için bilgisayar simülasyonlarını kullanacaklar. Perilla ve Hadden-Perilla, yapı hakkında daha fazla bilgi edinmenin “insan hücrelerine virüs girişini ve enfeksiyonunu anlamak için gerekli olduğunu, bu hastalıkla savaşmak için yeni ilaçlar ve aşılar geliştirmede ilk adım olduğunu” söyledi.
Hadden-Perilla, virüsün nasıl çalıştığını ve insanlara nasıl bulaştığını analiz etme ihtiyacı hakkında “Bir şeyin nasıl çalıştığını anlarsanız, onu nasıl durduracağınızı da anlayabilirsiniz” dedi. “Atomik yapıyı bilmemiz gerekiyor, böylece araştırmacılar tedavi ve aşı geliştirmeye çalışırken onu hedef almanın yollarını belirleyebilirler.”
Araştırmacılar, onları laboratuvar bilgisayarlarına ve süper bilgi işlem kaynaklarına bağlayan bir altyapı kullanarak, atomik düzeyde moleküler simülasyonlar gerçekleştirmek için süper bilgisayarları kullanmaya odaklanıyorlar.
Bu simülasyonlar, bilim adamlarının moleküllerin işlevlerini nasıl yerine getirdiklerini öğrenmek için hareket etme şeklini incelemelerine olanak tanır. Bilgisayar simülasyonları, moleküler sistemlerin atomik düzeye kadar olan hareketini ortaya çıkarabilen tek yöntemdir; bazen “hesaplamalı mikroskoplar” olarak adlandırılırlar.
Perilla, virüslerin statik olmadığını, bu nedenle koronavirüs simülasyonlarının bileşenlerini ve işlevlerini anlamanın anahtarı olduğunu belirtti.
Perilla ve Hadden-Perilla, ekiplerinin çalışmalarının pandemi üzerinde ani bir etkisi olabileceğini söyledi. Araştırmacılar, bu potansiyeli artırmak için, modellerinin temellerini (sürecin ilk adımı olan) birkaç hafta içinde yerine getirebileceklerini tahmin ederek sonuçlarını “geniş ve hızlı bir şekilde” yaymayı planlıyorlar.