COVID-19 varyantları Variabel’den saklanamaz
Genetik SARS-CoV-2 dizileri tufanında saklanan varyantlar hakkındaki ayrıntıları, eğer araştırmacılar onlara ulaşabilseydi, bilmek iyi olurdu.
A ABD Ulusal Bilim Vakfı– tarafından finanse edilen program pirinç üniversitesi en azından aynı COVID-19-pozitif kişiden alınan genom verilerinde görünen varyantlar olan “ana bilgisayar içi varyantlar” için bunu mümkün kılacaktır.
NSF’nin Bilgisayar ve Ağ Sistemleri Bölümü’nde program direktörü olan Deepankar Medhi, “Bu hibe, özellikle bir salgın sırasında önemli olan viral genomik veri kümelerinin analizlerini mümkün kılıyor” dedi. “NSF’nin hesaplama kaynaklarına uzun vadeli yatırımı, bunun gibi araştırma projelerinde çalışan bilim adamları için önemlidir.”
Bilgisayar bilimcileri Todd Treangen ve Yunxi Liu tarafından yönetilen bir ekip, Değişken, COVID-19’a neden olan SARS-CoV-2 virüsünün “düşük frekanslı varyantlarını” doğru bir şekilde tanımlayan bir program. Treangen’e göre, bu ipuçlarını bulmak, potansiyel olarak yıkıcı varyantları yayılma şansı bulamadan belirlemenin anahtarı olabilir.
Treangen, “Variabel, viral enfeksiyondan sonra konak içi varyasyonun tanımlanması için uygun fiyatlı nanopor sıralama teknolojisinin kullanılmasını sağlıyor” dedi. Laboratuvar, Variabel’i Ebola ve norovirüs bulaşmış hastalardan alınan sekans verileri üzerinde test etmede benzer bir başarı elde etti. Açık kaynak program ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Doğa İletişimi.
Araştırmacılar, Variabel’in anahtarının, gerçek varyantları sıralama hatalarından ayırt etme yeteneği olduğunu iddia ediyor. Variabel’i doğrulamak için, zaman içinde tek pozitif hastalardan alınan verileri ve çapraz hasta veri setlerinden alınan dizileri karşılaştırdılar. Zamanla, tek bir hasta bir virüsün milyarlarca kopyasını barındırabilir.
Araştırmacılar, verilere Variabel’i uygulamadan önceki ve sonraki sonuçları karşılaştırarak, programın sıralama hatalarının çoğunu düzeltebildiğini gördüler.
Pandemi tarafından teşvik edilen bilimsel ilerlemeleri tartışmak için laboratuvarında bir sempozyuma ev sahipliği yapan Treangen, “Variabel, ilgili varyantlara özgü gelecekteki mutasyonların keşfedilmesine yardımcı olabilecek konak içi varyasyonun taşınabilir, uygun maliyetli ve hızlı karakterizasyonuna kapı açıyor” dedi. . Sanal sempozyum çevrimiçi olarak şu adresten izlenebilir: http://www.youtube.com/watch?v=YaNm7QBmxD8.