İlk eksiksiz koronavirüs modeli iş birliğini gösteriyor

COVID-19’a neden olan virüs birçok gizemi barındırıyor. Bilim adamları, nasıl birleştiği ve konakçı hücreye nasıl girdiği ve konakçı hücreyi nasıl bir araya getirip tomurcukladığı konularında karanlıkta kalıyorlar.
Deneysel verilerle birleştirilmiş hesaplamalı modelleme, bu davranışlara ilişkin içgörüler sağlar. Ancak SARS-CoV-2 virüsünün dinamiklerini anlamlı zaman ölçekleri üzerinden modellemek, şu ana kadar mevcut aşılar için bir hedef olan başak proteini gibi parçalarıyla sınırlıydı.
SARS-CoV-2 viryonunun çekirdek genetik materyali ve kabuğunun yeni çok ölçekli kaba taneli modeli ilk kez süper bilgisayarlar kullanılarak geliştirildi. Model, bilim insanlarına virüsün güvenlik açıklarından yararlanmanın yeni yollarını sunuyor.
Chicago Üniversitesi’nden Gregory Voth, “SARS-CoV-2’nin bütünsel olarak bütün bir parçacık olarak nasıl çalıştığını anlamak istedik” dedi. Voth, ilgili yazardır. ders çalışma yayınlanan ilk tam virüs modelini geliştiren Biyofizik Dergisi.
Voth, “Moleküler dinamik simülasyonlarından ve deneylerden bilgi aldığımız bir model geliştirdik” dedi. sonuçları ABD Ulusal Bilim Vakfıfinanse edilen çalışma, virüsün yüzeyindeki başak proteinlerinin nasıl işbirliği içinde hareket ettiğini gösteriyor.
Voth, “Rastgele, ilişkisiz hareketler gibi bağımsız hareket etmiyorlar” dedi. “Birlikte çalışıyorlar.”
Spike proteinlerin bu işbirlikçi hareketi, koronavirüsün potansiyel bir konakçı hücrenin ACE2 reseptörlerini nasıl saptadığının göstergesidir.
Çalışmada, Voth ve ekibi Sınır Süper bilgisayar. NSF tarafından finanse edilen Frontera sistemi, Teksas Gelişmiş Bilgi İşlem Merkezi Austin’deki Teksas Üniversitesi’nde.
NSF’nin Kimya Bölümü’nde bir program direktörü olan P. Shing Ho, “Virüsleri tipik olarak statik şeyler olarak tasavvur ediyoruz, bu da onların konakçı hücrelere bulaşma konusundaki değişen yeteneklerini anlamamızı sınırlıyor” dedi. “Bu çalışma, bilim insanlarına SARS-CoV-2 virüsünün ortaya çıkan varyantlarının potansiyel olarak COVID-19’un bulaşabilirliğini nasıl etkilediğini araştırmaya yardımcı olacak bir dizi moleküler araç sağlıyor.”