Model, virüslerin bağışıklık sisteminden nasıl kaçtığını analiz ediyor
İnfluenza ve HIV de dahil olmak üzere bazı virüslere karşı etkili aşılar üretmenin bu kadar zor olmasının bir nedeni, bu virüslerin çok hızlı mutasyona uğramasıdır. Mutasyon, “viral kaçış” olarak bilinen bir süreçle, belirli bir aşı tarafından üretilen antikorlardan kaçmalarına olanak tanır.
İLE Araştırmacılar şimdi, orijinal olarak dili analiz etmek için geliştirilen modellere dayanarak viral kaçışa hesaplamalı olarak bakmanın yeni bir yolunu geliştirdiler. Modelleri, viral yüzey proteinlerinin hangi bölümlerinin viral kaçışa olanak sağlayacak şekilde mutasyona uğrama olasılığının daha yüksek olduğunu tahmin edebilir ve ayrıca mutasyona uğrama olasılığı daha düşük olan bölümleri tanımlayarak onları yeni aşılar için iyi hedefler haline getirebilir.
MIT’den bilim adamı Bonnie Berger, “Viral kaçış büyük bir sorundur” diyor. “Grip yüzey proteininin viral kaçışı ve HIV’in zarf yüzey proteini, evrensel bir grip aşımızın olmamasından ve HIV için bir aşımızın olmamasından sorumludur; her ikisi de yüzbinlerce hastalığa neden olur. yılda bir ölüm.”
ortaya çıkan bir çalışmada BilimBerger ve meslektaşları grip, HIV ve SARS-CoV-2’ye karşı aşılar için olası hedefler belirlediler.
MIT ekibi, doğal dil işleme alanından alınan ve dil modeli olarak bilinen bir tür hesaplama modeli kullanmaya karar verdi. Bu modeller başlangıçta dildeki örüntüleri, özellikle de belirli kelimelerin birlikte ortaya çıkma sıklığını analiz etmek için tasarlanmıştır.
Araştırmacıların HIV ile ilgili çalışmalarında, proteinin V1-V2 hiperdeğişken bölgesinin, önceki bulgularla tutarlı olarak birçok olası kaçış mutasyonuna sahip olduğunu ve ayrıca daha düşük bir kaçış olasılığına sahip olacak diziler bulduğunu bulmuşlardır.
Bilim adamları şimdi modellerini, vücudun kendi bağışıklık sistemini tümörleri yok etmeye teşvik eden kanser aşıları için olası hedefleri belirlemek için kullanıyorlar. Tüberküloz gibi hastalıklarda direnç oluşturma olasılığı daha düşük olabilecek küçük moleküllü ilaçlar tasarlamak için de kullanılabileceğini söylüyorlar.
Çalışma kısmen bir şirket tarafından finanse edildi. ABD Ulusal Bilim Vakfı Lisansüstü Araştırma Bursu. NSF’nin Araştırma Birimi Direktörü Kim Barrett, “NSF Mezun Araştırma Bursu tarafından desteklenen Ellen Zhong’un, daha etkili aşıların geliştirilmesine izin vermesi gereken bu önemli ve güncel araştırmaya önemli bir katkıda bulunduğunu görmekten çok memnunuz” diyor. Mezuniyet eğitimi.