Yeni tahmin algoritması, daha önce tespit edilmemiş kanser sürücüsü genlerini tanımlar
liderliğinde yeni bir araştırma ABD Ulusal Bilim Vakfı-finansmanlı araştırmacılar Kaliforniya Üniversitesi, Irvine, tümörijenezdeki epigenetik mekanizmaların anlaşılmasını derinleştirdi ve daha önce tespit edilmemiş bir kanser sürücü genleri repertuarını ortaya çıkardı. Sonuçlar yayınlandı Bilim Gelişmeleri.
Araştırmacılar, DORGE (Genetik ve Epigenetik özellikleri kullanarak Onkojenlerin ve tümör baskılayıcı genlerin Keşfi) adı verilen yeni bir tahmin algoritması kullanarak, yeni tümör baskılayıcı genleri (TSG’ler) ve onkogenleri (OG’ler), özellikle nadir mutasyonlara sahip olanları, entegre ederek tanımlayabildiler. Genetik ve epigenetik verilerin en kapsamlı koleksiyonu.
Araştırmanın kıdemli yazarı Wei Li, “Mevcut biyoinformatik algoritmalar, epigenetik değişikliklerin kanser sürücü genleriyle ilişkili olduğu bilinmesine rağmen, kanser sürücü genlerini tahmin etmek için epigenetik özelliklerden yeterince yararlanmıyor” dedi. “Hesaplamalı algoritmamız, kanser sürücü genlerinin tahminini iyileştirmek için epigenetik ve genetik değişimler hakkındaki halka açık verileri birleştiriyor.”
Kanser, hücre bölünmesi ve apoptoz arasındaki dengeyi bozan anahtar genetik değişikliklerin birikiminden kaynaklanır. Kanser ilerlemesini etkileyen “sürücü” mutasyonlarına sahip genler, kanser sürücü genleri olarak bilinir ve kanserin ilerlemesindeki rollerine göre TSG’ler ve onkogenler OG’ler olarak sınıflandırılabilir.
Bu çalışma, DORGE tarafından tahmin edilen kanser sürücü genlerinin hem bilinen kanser sürücü genlerini hem de güncel literatürde bildirilmeyen yeni sürücü genleri içerdiğini göstermiştir. Buna ek olarak, araştırmacılar, DORGE’nin hem TSG’ler hem de OG’ler olarak tahmin ettiği yeni çift işlevli genlerin, protein-protein etkileşimi ve ilaç/bileşik-gen ağlarındaki merkezlerde oldukça zengin olduğunu bulmuşlardır.
Li, “DORGE algoritmamız, kanser sürücüsü gen düzensizliğinde önemli roller oynayan genetik ve epigenetik değişiklikleri keşfetmek için halka açık verileri başarıyla kullandı” dedi. “Bu bulgular, gelecekte kanser önleme, teşhis ve tedavi çabalarını iyileştirmede etkili olabilir.”