Bize 100 çeşit domates veren DNA
Domateslerdeki genetik varyasyonun yeni bir analizi, çeşitler arasında DNA’da önceden gizlenmiş 230.000’den fazla büyük ölçekli farklılığı ortaya çıkardı. Domates bitkileri geliştikçe, DNA bölümleri silindi, kopyalandı veya yeniden düzenlendi. Bu genomik “yapısal varyasyonlar”, domateslerdeki geniş çeşitliliğin çoğunun temelini oluşturur, tatları değiştirir, verimi değiştirir ve diğer önemli özellikleri şekillendirir.
Sonuçlar dergide yayınlandı Hücre.
Çalışma, bir Ulusal Bilim Vakfıliderliğindeki finanse edilen çaba Cold Spring Harbor Laboratuvarı Araştırmacılar, biyolog Zachary Lippman ve Johns Hopkins Üniversitesi biyolog Michael Schatz’ın, büyük bir mahsulün yapısal genom varyasyonunun bugüne kadarki en kapsamlı analizi olduğunu söylüyor. Yetiştiriciler ve bilim adamları, bilgileri yeni, daha arzu edilen bitkileri daha yüksek verimlilikle yetiştirmek veya tasarlamak için uygulayabilecekler.
Toplu olarak yapısal varyantlar olarak bilinen genomlar arasındaki büyük ölçekli farklılıklar, yetiştiricilerin önemsediği çok çeşitli bitki özelliklerinden muhtemelen sorumludur, ancak bu unsurların incelenmesi, domates çeşitliliğinin genetik temelinin çoğunu açıklanamayan bir şekilde bırakarak herkesin bildiği gibi zor olmuştur.
Güçlü yeni genom düzenleme teknolojisiyle birlikte yeni DNA dizileme teknolojisi, son zamanlarda yapısal değişkenlerin tespit edilmesini kolaylaştırdı ve bunların ekin özelliklerini nasıl etkilediğinin araştırılmasını sağladı.
Lippman, “Kör olduğumuz çok büyük miktarda doğal genetik varyasyon vardı” diyor. “Ona ulaşmanın tek yolu bu yeni teknolojiydi.”
Araştırmacılar, endüstriyel tarıma uygun güçlü çeşitler, etli yadigârlar ve ekili domateslerin yabani akrabaları da dahil olmak üzere 100 farklı domates çeşidinin genomlarını sıraladı ve karşılaştırdı.
NSF’nin Bitki Genomu Araştırma Programında program direktörü olan Clifford Weil, “Bu araştırma, işlevsel genomiklere karşılaştırmalı bir yaklaşım benimsemenin gücünün harika bir örneğidir” diyor. “Bu tek üründeki yapısal varyantların zenginliği ve domateslerde hepimizin sevdiği harika özelliklerin çeşitliliğini ne kadar açıkladıkları, hem yetiştiriciler hem de biyologlar için harika bir alet çantası.”